Գիտական գործունեությունը համակարգելու նպատակով ինստիտուտի կազմում գործում են հետևյալ խորհուրդները՝ Գիտական խորհուրդ, Երիտասարդ գիտաշխատողների խորհուրդ, Մասնագիտական որակավորման քննություն ընդունող հանձնաժողով, Մասնագիտական խորհուրդ: Վերջին երկու խորհուրդներն ուղղված են գիտական կադրերի պատրաստմանը ասպիրանտուրայի և հայցորդության միջոցով, որն իրականացվում է ԿԳՄՍՆ-ն և ԲՈՀ-ի հաստատած գիտական աստիճանաշնորհման անվանացանկի համաձայն, որին կարելի ծանոթանալ https://www.isec.am/phd.html հղմամբ:
Գիտական խորհուրդ. Ինստիտուտի գիտական գործունեությունը համակարգող մարմին է, որի կառուցվածքը և անդամների թիվը, ինստիտուտի տնօրենի առաջարկությամբ, հաստատում է ՀՀ ԳԱԱ համապատասխան բաժանմունքի բյուրոն: Գիտական խորհրդի կազմը, անդամների ընտրության կարգը, նիստերի անցկացումը, որոշումների ընդունումը, լիազորությունները սահմանված են Ինստիտուտի կանոնադրությամբ:
Երիտասարդ գիտաշխատողների խորհուրդ. Ինստիտուտում մինչև 40 տարեկան գիտական աշխատողների գործունեությունը համակարգող մարմին է, որի կառուցվածքը, անդամների թիվը, նախագահը առաջարկվում է խորհրդի և հաստատվում է տնօրենի կողմից:
Մասնագիտական խորհուրդ. Ինստիտուտում ատենախոսությունների պաշտպանություններ իրականացնող և կազմակերպող մարմին է, որի կառուցվածքը, անդամների թիվը, ինչպես նաև գիտական աստիճանաշնորհմանն ուղղված ընթացակարգը սահմանվում է ՀՀ ԲՈԿ-ի գիտական աստիճանաշնորհման կանոնակարգով: Այն գործում է 1977 թվականից: Մինչ այդ ինստիտուտի աշխատակիցներն ատենախոսությունները պաշտպանել են ՀՀ ԳԱԱ Պատմության ինստիտուտում: Մասնագիտական Խորհուրդը նշված ժամանակահատվածում ունեցել է երեք նախագահ՝ Առաքելյան Բաբկեն Նիկոլայի, ՀՀ ԳԱԱ ակադեմիկոս (1977-1994 թթ.), Քալանթարյան Արամ Աշոտի, ՀՀ ԳԱԱ թղթակից անդամ (1994-2010 թթ.), Ավետիսյան Պավել Սեդրակի, ՀՀ ԳԱԱ թղթակից անդամ (2011 թ. - մինչ օրս): Խորհուրդը նշված ժամանակահատվածում ունեցել է վեց գիտական քարտուղար՝ Մելիք-Փաշայան Կարեն Վահանի (1977-1982 թթ.), Կարախանյան Գրիգոր Հովհաննեսի (1982-1987 թթ.), Աբրահամյան Լևոն Հմայակի (1987-1992 թթ.), Վարդումյան Դերենիկ Սուրենի (1993-1995 թթ.), Մելքոնյան Հուսիկ Անդրեասի (1996-2018 թթ.), Հարությունյան Արսեն էդուարդի (2019 թ. - մինչ օրս):
Խորհուրդն իրավասու է եղել ատենախոսական աշխատանքների հրապարակային պաշտպանություններ կազմակերպել հնագիտություն-վիմագրություն (Է.00.03), ազգագրություն-ազգաբանություն (Է.00.04), կրոնի փիլիսոփայություն, կրոնի տեսություն և պատմություն (Թ. 00.05), մարդաբանություն (Գ.00.10), մշակութաբանություն (Թ.00.06) մասնագիտությունների գծով:
Հայաստանի Հանրապետության Բարձրագույն որակավորման հանձնաժողովը (ԲՈՀ) ստեղծվել է ՀՀ Կառավարության 1993 թ. մայիսի 17-ի թիվ 241 որոշմամբ: Նույն թվականի ԲՈՀ-ի սեպտեմբերի 28-ի թիվ 28 հրամանով հանրապետության տարածքում գործող 62 մասնագիտական խորհուրդներն անցան նորաստեղծ ԲՈՀ-ի ենթակայության տակ:
ՀՀ ԳԱԱ Հնագիտության և ազգագրության ինստիտուտին առընթեր գործող 007 Մասնագիտական Խորհուրդը վերը նշված հրամանով իր գործունեությունը շարունակել է ՀՀ ԲՈՀ-ի համակարգում (Խորհուրդն ինստիտուտում գործում է 1977 թ. սկսած):
Մասնագիտական խորհուրդի կազմը հետևյալն է՝
Է.00.03 – Հնագիտություն
Է.00.04 – Ազգագրություն (ազգաբանություն)
Թ.00.06 – Մշակութաբանություն
Մասնագիտական որակավորման քննություն ընդունող հանձնաժողով. Հանձնաժողովը ինստիտուտում անցակցվող մասնագիտական քննություններն ընդունող մարմին է, որի կառուցվածքը և անդամների թիվը հաստատում է ինստիտուտի տնօրենը: Հանձնաժողովների կազմը հետևյալն է.
Է.00.03 - Հնագիտություն
Է.00.04 - Ազգագրություն
Ժ.01.05 – Բանահյուսություն